step1) DNA 변성
step2) 프라이머 결합
step3) DNA 합성
STEP1) DNA 변성에는 GC함량과 DNA 길이가 길수록 온도를 높여줍니다.
왜냐하면 GC함량과 DNA 길이가 길수록 Tm멜팅 온도가 달라지기 때문이죠
이것은 이해가 됩니다.
STEP 2)하지만 DNA프라이머 결합에서
반응온도가 적정 온도 보다 높으면 혼성화가 적게 일어나고. 반응온도가 적정 온도 보다 낮으면 혼성화가 많이 일어 납니다.
그렇게 때문에 Tm이 매우 중요한단계는 step2입니다.
여기까지 이해됩니다.
질문!!
DNA primer의 길이가 길어질수록 반응온도는 높아야하고, dna primer에 gc함량비가 증가될수록 반응온도는 높아야 합니다.
라고 강치욱 총론에 적혀있습니다.
어떻게 이해해야 되죠?
dna primer 길이가 길면 -> 혼성화되기 어렵다. -> 혼성화되기 어려우면 반응온도는 낮아야 하는데.. ㅠㅠ
gc결합이 많으면 -> 3중결합이므로 결합하기도 어렵다. -> 결합하기 여려우면 반응온도 낮춰야하는데ㅔ... ㅠㅠ
어느 부분에서 사고의 오류가 있는지 모르겠습니다.
설명 부탁드립니다. ^_^
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댓글
댓글 리스트-
작성자밍글맹글 작성시간 13.12.27 결합이 어렵고 혼성화되기 어려우니깐 무조건 반응온도가 낮아야 된다고 생각하신거 같아요.
pcr에서의 온도는 이중가닥 분리에 부분에 초점이 맞춰 있어요.
우선 gc결합이 많으면 이중가닥이든 primer와 주형가닥 사이의 결합이 강하기 때문에 해리시키려면 온도를 높일수 밖에 없어요
아마 primer길이가 길어질수록 반응온도가 높아져야 하는것도 primer가 결합된 주형가닥을 분리시키기 위함으로 해석하시는게 맞다고 봅니다.
간단히 말하자면 온도를 높이는 이유는 이중가닥 분리를 위해서다 라고 말할수 있네요 -
답댓글 작성자waochief 작성자 본인 여부 작성자 작성시간 13.12.28 그렇군요 사고를 역으로 해야 정답이 되는군요. 즉. primer와 dna 혼성화 과정에서도 혼성화되는 온도가 아닌 pcr후 프라이머와 dna를 분리시키려는 온도에 기준을 맞추는 것이네요. 그렇게 정리하겠습니다. ^_^ 친절한 대답 감사합니다.
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작성자501호 작성시간 13.12.28 DNA길이가 길수록, GC함량이 높을수록 denature온도가 높아지잖아요?
denature이냐 hybridization이냐가 딱 결정되는 지점을 최적온도라고 해볼게요. 최적온도보다 높으면 hybridization이 안되는 거고, 최적온도보다 낮으면 비특이적인 hybridization이 되는 것이다. 이렇게 생각하면 되겠네요. DNA가 길수록, GC함량이 높을수록 최적온도가 높으니까 step2에서 온도가 높아진다. 이렇게 대략적으로 이해해주시면 될듯. -
답댓글 작성자waochief 작성자 본인 여부 작성자 작성시간 13.12.28 친절한 대답 감사합니다. ^_^