지방산은 시트르산으로부터 형성된 아세틸-CoA로부터 세포질에서 합성된다. 시트르산은 미토콘드리아 기질 속에서 시트르산회로를 통해 아세틸-CoA와 옥살로아세트산으로부터 생산된다. 시트르산은 세포의 에너지 요구가 낮아 β-산화가 억제될 때 세포질로 전달된다. 나중에 그것은 분해되어 옥살로아세트산과 아세틸-CoA를 형성한다.
세포의 에너지 요구가 높을때, 지방산은 아실카르니틴 유도체로서 미토콘드리아 속으로 운반된다. 그 다음 아실-CoA는 β-산화를 경유하여 아세틸-CoA로 분해된다. 호르몬인 글루카곤과 에피네프린 그리고 기질인 시트르산, 말론일-CoA 및 팔미토일-CoA는 지방산 대사의 중요한 조절자이다. 지방산 대사와 탄수화물 대사는 상호관련이 있다. 아세틸-CoA의 전구체인 피루브산은 해당의 산물이다. 지방산 합성에서 소요되는 환원제인 NADPH는 오탄당인산 경로에서 몇 가지 반응에 의해 생성된다. NADPH는 또한 말산을 피루브산으로 전환시킬 때 생산된다.
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