화학자 존 돌턴이 처음으로 원자 질량 단위로 수소 원자를 제안했다. 프랜시스 윌리엄 애스턴은 산소-16 원자 질량의 1/16을 원자 질량 단위로 제안했다.
1961년 전에는 물리에서의 amu가 산소-16 원자의 1⁄16 로 정의되고, 화학에서는 평균적 산소 원자의 1⁄16로 정의되었다. 두 단위 모두 현재의 원자량단위보다 작다. 물리학에서는 1960년, 화학에서는 1961년 현재의 단위를 도입했다.
1 u = 1.000 317 9 amu (물리) = 1.000 043 amu (화학)이다.
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