김기덕은 1960년 12월 20일 경상북도 봉화군 춘양면 서벽리에서 태어났다 . 초등학교를 졸업후 집안 형편이 어려우니 기술을 배우라는 부친의 권유에 따라 중학교 진학을 포기했다. 전수 학교와 전자 공장을 다니며 20세까지 성장한 김기덕은 해병대에 지원하여 부사관으로 5년간 복무했다. 제대 후 서울 남산의 장애자 보호 시설에서 전도사로 일하는 동시에 신학교를 다니며 30세까지 서울에서 지냈다.
평소 그림에 대한 생각이 남달랐던 김기덕은 백남준과 관련된 기사가 동기가 되어 30세가 되던 1990년에 무작정 프랑스 파리로 떠났다. 1990년부터 1992년까지 3년간 프랑스와 유럽 각지를 다니며 스스로 회화 공부를 하던 중 우연히 들른 영화관에서 태어나서 처음으로 《양들의 침묵》 (1990) 영화를 보고 영화에 대한 꿈을 꾸게 되었다.
1992년 프랑스에서 돌아온 뒤 《화가와 사형수》로 1993년 영상작가교육원 창작 대상, 《무단 횡단》으로 1995년 영화진흥공사 시나리오 공모 대상을 수상하는 등 각본가로 활동을 하다가 1996년부터 자신이 직접 감독하여 영화를 만들기 시작했다.
충격적인 영상과 내용으로 만들어 내는 영화마다 화제를 일으키는 것으로 유명하다. 2004년 독일 베를린 영화제에서 《사마리아》로, 이탈리아 베니스 국제영화제에서 《빈 집》으로 연이어 감독상을 수상하는 쾌거를 이뤄냈다.
또한 2012년 9월 8일 제69회 베네치아 국제 영화제에서 《피에타》로 대한민국 영화 역사상 최초로, 영화제 최고상인 황금사자상을 수상하였고, 비공식부문에서도 3관왕을 달성하였다.
" '네가 뭔가 되면 내 손에 장을 지진다'는 말을 두 번 들었다. 한 번은 길에서 거리화가로 그림 그릴 때 시나리오를 썼는데, 옆에 화가 분이 한심했는지, '네가 작가가 되면 내 손에 장을 지진다'고 하더라. 그 순간 '이 사람이 나한테 선생이구나'를 느꼈다. 가끔 열등감으로 그 순간을 복수하고 역전시키려 노력하기도 한다. 또 한번은 첫 연출작 스태프 중 한 명이 '두 번째 영화 만들면 내 손에 장을 지진다'고 했다. 그럴 때마다 처음에는 '두고보자' 그랬는데, 나중에는 강력한 에너지가 된다. 우리 사회에는 '가물치 철학'이라는 게 있다. 미꾸라지가 사는 추어탕집이 두 곳 있는데, 한 집은 음식이 안 팔리면 미꾸라지가 죽고, 한 집은 살아있다. 가만보니깐 가물치를 한 마리 넣어놓은 거다. 미꾸라지에게 경쟁상대 가물치라는 두려운 상대가 있으니깐 살아나려고 노력해 살 수 있었던 거다. 인간들이 살아가는 경쟁구도도 그런 것 같다. 경쟁을 통해 자기 가치와 에너지를 발견하는 것 같다."