우리나라에서는 1988년부터 해양오염방지법에 의거, 일정해역에 쉽게 분해, 확산되는 무독성의 수용성 유기성 폐기물을 배출할 수 있게 하는 폐기물해양배출제도를 운영하고 있다. 이 법에 따르면, 폐기물의 특성상 비교적 무해하고 그 발생량이 과다하여 육지에서의 대량처리가 곤란하며 처리비용이 과다하게 소요되는 폐기물은 적정 처리방법에 따라 지정된 해역에 배출토록 허용하고 있다. 이는 비용절감과 매립용지 확보의 어려움을 일부 해소하고 연안오염 부하를 경감하는데 그 목적이 있었다. 오염원인자부담원칙과 오염물질의 발생지 내 처리원칙을 빌리지 않아도 단순히 비용 편익상의 비교우위에 따라 오염물질을 해양에 투기하는 것은 바람직하지 않다. 특히 해양의 특성상 한 해역의 오염이 해류의 이동과 확산에 따라 인접해역에 직, 간접적인 영향을 미치게 되므로 이러한 폐기물의 해역 배출은 국제적인 환경분쟁을 야기할 소지가 충분히 있다. 우리나라의 경우에는 산업화가 급속히 진행되고 폐기물의 발생량이 급증추세에 있는 중국, 러시아, 일본 등과 해양을 공유하고 있어서 폐기물 해역배출에 대한 신중한 정책결정과 주변국들에서 발생할 수 있는 폐기물의 잠재적인 과다배출에 의한 해양오염을 감시하는 것이 필요하다. 해양배출이 허용되는 폐기물의 종류로는 분뇨, 축산폐수 및 정화조 오니, 하수 및 정순오니, 수산물가공 잔재물, 폐수배출시설 중 음, 식료품제조시설 및 해산물판매장에서 발생되는 폐수, 수질오염방지시설 중 생물학적 처리시설에서 발생되는 유기성 오니, 폐산, 폐알칼리(pH2.0 이하, 12.5 이상), 준설토사 및 패각류 등이 있다. 그러나 이 중에서 폐산 및 폐알칼리는 1996년 7월 개정된 폐기물해양배출 관련 런던덤핑 협약에 의거하여 1999년부터 연차적으로 해양배출을 축소(1998년 기준, 1999년 90%, 2000년 75%, 2001년 50% 이내)시켜서 2002년 1월 1일부터 폐산 및 폐알칼리의 해역배출을 전면 금지하였다. 현재 지정된 폐기물 배출해역은 서해병해역이 군산서방 약 200km 해상, 수심 80m 내외이고, 동해병해역은 포항동방 약 125km 해상, 수심 200~2,000m 내외이며, 동해정 해역은 울산 남동방 63km 해상, 수심 150m 내외이다. 폐기물 해역배출은 우리나라 주변국가와의 국제관계가 특히 중요한 요인으로 작용하게 된다. 즉 여러 국가 간에 공유한 해양의 환경용량을 고려하지 않은 오염물질의 해양배출량은 각 국가의 폐기물정책의 차이에 의해서 조정되기가 쉽지 않다. 그러므로 한 나라의 배출저감 노력만으로는 해양내 배출오염물질의 총량을 관리하기가 용이하지 않다.
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