일본부관련 기록은 雄略紀에 ‘日本府行軍元帥’가 유일하고 임나일본부와 관련된 내용은 6세기 欽明紀에 등장한다.
『日本書紀』卷十四雄略天皇八年（甲辰464）二月
脩好於高麗.由是高麗王遣精兵一百人.守新羅.有頃高麗軍士一人取假歸國.時以新羅人爲典馬.〈典馬.此云于麻柯毘.〉而顧謂之曰.汝國爲吾國所破非久矣.〈一本云.汝國果成吾士非久矣.〉其典馬聞之.陽患其腹.退而在後.遂逃入國說其所語.於是新羅王乃知高麗僞守.遣使馳告國人曰.人殺家內所養鷄之雄者.國人知意.盡殺國內所有高麗人.惟有遣高麗一人.乘間得脫逃入其國.皆具爲說之.高麗王卽發軍兵.屯聚筑足流城.〈或本云.都久斯岐城.〉遂歌興樂.於是.新羅王夜聞高麗軍四面歌.知賊盡入新羅地.乃使人於任那王曰.高麗王(長壽王)征伐我國.當此之時若綴旒.然國之危殆過於累卵.命之脩短大所不計.伏請救於日本府行軍元帥等.由是任那王勸膳臣斑鳩.〈斑鳩.此云伊柯屢餓.〉吉備臣小梨.難波吉士赤目子.
부(府)는 관청이 아니라 사신(사신)이며 임나일본부는 大和정권이 임나에 파견한 사절이라는 견해 –스즈키야스타미(令木靖民) ,우케다 마사유키(請田正幸)등 다수설.
일본부의 古訓은 ‘야마토 노미코토모치(御事持)’로서 왜왕이 임시로 파견한 일회성 사신으로 5c후반 백제대신이면서 임나지배자인 木協滿致가 왜열도로 이주하면서 시작되었다. –야마오유키히사(山尾幸久)
따라서 임나일본부는 7세기 일본국호 제정 이후 만들어진 용어로 『일본서기』 작성 시기인 8세기 전반부터 쓰이기 시작. 부(府)가 관청용어로 쓰이기 시작한 시기는 677년 쓰쿠시(築紫)도독부 ,671년 쓰쿠시(築紫)대재부로 6세기에는 ‘부’가 존재하지 않았다.
『일본서기』등장 일본부관련 이름들.
이키노오미(印支彌)=임나일본부,고세노오미(許勢臣),이쿠하노오미(的臣),기비노오미(吉備臣),가와치노 아타히(河內直)=안라일본부 가야계인,★아현이나사(阿賢移那斯),★좌로마도(佐魯麻都)=가야인 형제
주) 열도에서 안라국에 파견된 인물들은 기비(吉備),가와치(河內),기타큐슈(北九州) 출신들이다. 가야인 형제는 조상이 가야왕으로 조부 那奇陀甲背가 백제와 대산성전투에서 사망하고 부친은 加獵直岐甲背로 기문,대사지역으로 진출하던 백제에 대한 반백제 활동을 벌이다 안라국으로 망명함.
『日本書紀』卷十九欽明天皇二年（541）七月
秋七月百濟聞安羅日本府與新羅通計.遣前部奈率鼻利莫古.奈率宣文.中部奈率木州昧淳.紀臣奈率彌麻沙等.〈紀臣奈率者.盖是紀臣娶韓婦所生.因留百濟爲奈率者也.未詳其父.他皆效此也.〉使于安羅.召到新羅任那執事謨建任那.別以安羅日本府河內直通計新羅.深責罵之. …聖明王更謂任那日本府曰天皇詔稱任那若滅汝則無資.任那若興汝則有援今宜興建任那.使如舊日以爲汝助撫養黎民.謹承詔勅悚懼塡胸誓効丹誠冀隆任那.
주) 열도에서 안라국에 파견된 인물들은 기비(吉備),가와치(河內),기타큐슈(北九州) 출신들이다. 임나일본부는 530년에서 548년까지 활동했던 것으로 이들은 신라와 내통하였고 가야인들이 농사짓게 도왔으며 신라의 관을 쓰고 신라에 복종하였다. 임라일본부가 사라지게된 것은 그들이 성왕때 즈음 친신라정책을 펼치지 못하게되었을때 부터이다.
『日本書紀』卷十九欽明天皇五年（544）三月
〈百濟本記云以安羅爲父以日本府爲本也.〉今的臣,吉備臣,河內直等,咸從移那斯,麻都指為而已,移那斯,麻都,雖是小家微者,專擅日本府之政,又制任那,障而勿遣.
일본부들은 독립적 활동을 한적이 없고 임나 한기들과 함께 활동하여 안라국의 지배층, 가야제국의 한기층, 이미 망한가야국의 세력들과 합의하에 이루어지고 행동의 규제를 받고 있었다.