MHC는 세포상호작용 (cellular interaction)과 자신과 비자신의 구별 (self and non-self discrimination)에 중요한 역할을 하는 연관된 유전자 (linked gene)들의 집단이다. 이 유전자 집단은 일반적으로 조직적합성 (histocompatibility) 즉 조직이식을 받아주는 성질을 결정하는 데 중요한 역할을 하기 때문에 주조직적합 (major histocompatibility)라고 불렀으며, 그러한 성질이 하나의 유전자자리 (genetic loci)가 아니라 여러 개의 유전자자리에 의하여 결정되기 때문에 복합적 유전자 자리라는 뜻으로 복합체 (complex) 라고 부르게 되었다. MHC에는 class I (제 1급)과 class II (제 2급) MHC의 두 가지가 있으며, 이 중 제 1급 MHC는 조직이식거절반응을 결정짓는 유전자자리로 알려져 있으며, 제 2급 MHC는 면역반응성을 결정짓는 유전자자리로 알려져 있다.
MHC는 비록 조직적합성이라는 이름을 가지고 있지만, T cell의 면역반응에서 매우 중요하며, 결과적으로 면역반응 전체적으로 중요한 역할을 한다. T cell은 기능적으로 두 가지 그룹으로 나뉘는데, helper T cell은 항체반응을 포함한 여러 면역반응에서 조절자 (regulator)역할을 하는 세포이며, cytotoxic T cell은 항원을 가지고 있는 세포를 파괴하는 역할을 수행하는 세포이다. 이러한 T cell의 반응이 나타나기 위하여는 T cell이 항원을 인식하여 활성화되어야 하는 데, 이때 MHC가 중요한 역할을 한다. T cell은 침투한 항원과 있는 그대로 반응하지 못하고, 반드시 항원제시세포 (antigen presenting cell, APC)라고 부르는 특별한 세포들이 항원을 제시할 때 그 항원을 인식할 수 있다. 항원제시세포는 항원을 조작하여 그 일부를 주조직적합복합체 (MHC)와 결합시킨 후, 그것을 세포표면에 발현하며, 이렇게 제시된 MHC-항원 복합체를 T cell이 인식하여 면역반응을 유도하는 것이다