행주 성당은 1899년경 약현(현 중림동약현) 본당 관할로 설립된 행주 공소에 그 뿌리를 두고 있다. 1900년대 초만 하더라도 행주 포구는 한강을 통한 수로 교통의 요지였기 때문에 거주 인구가 제법 많은 지역이었다. 이에 따라 1899년 당시 약현 본당 주임 두세(Doucet, 丁加彌) 신부는 이곳에 행주 공소를 설립하였는데, 당시 신자수는 52명이었으나 공소 설립 1년 만에 102명으로 증가하였다.
이러한 교세 성장과 더불어 이 지역은 또한 약현 본당 관할의 경기도 서부 지역, 즉 김포군 · 통진군 · 고양군 · 양천군 · 양주군 · 파주군 등지에 널리 분포되어 있는 공소들을 관할하기에도 적격이었다.
그러자 뮈텔(Mutel, 閔德孝) 주교는 1909년 5월 21일 행주 공소를 본당으로 승격시키고 김원영(金元永) 아우구스티노 신부를 초대 주임으로 임명하였다. 이에 김원영 신부는 이듬해 8월 17일, 성모 승천 대축일 직후에 뮈텔 주교를 모시고 고양군 주도면 행주외리 197번지에 마련한 성당의 봉헌식을 거행하고 주보를 성모 승천으로 정하였으며, 1922년에는 성당을 증축하면서 사제관도 신축하였다.
그 후 행주 본당은 일제 말기에 선교사 추방 등 교회에 대한 탄압이 극심해질 무렵인 1942년 1월, 8대 주임이었던 김유룡(金裕龍) 필립보 신부가 대전 목동 본당으로 전임된 후 신부가 파견되지 않음으로써 한때 공소로 격하되기도 하였다. 그러다가 광복이 된 후 1948년 2월에 9대 주임으로 김성환(金成煥) 빅토리노 신부를 맞이함으로써 본당으로 부활되었다.
본당으로 부활된 후 공동체는 활기를 되찾았으나, 얼마 못 가 도시화 현상으로 신자수가 감소하자 10대 주임으로 부임한 임충신(林忠信) 마티아 신부는 그 보완책으로 1957년에 수색동 205번지로 성당을 이전하고, 본당 이름을 ‘수색동 본당’(현 수색 본당)으로 바꾸면서 행주 본당은 재차 공소가 되었다.
그 후 수색동 본당은 12대 주임인 김윤상(金允相) 베네딕토 신부 때인 1970년 8월 2일 현재의 증산동 부지를 마련한 뒤 공사에 착수하여 이듬해 8월 12일 대지 425평에 연건평 232평 규모의 성당을 완공하고 봉헌식을 거행하였다.