Amos에서의 추정방법은 최대우도법(maximum likelihood), 비가중최소자승법, 일반최소 자승의 추정법 등이 있다. 여기에 대한 설명도 다음의 구조방정식모형 분석에서 자세하게 설명하기로 한다. 에이모스는 자료상 무응답의 처리를 최우도추정법을 이용한다. FIML 방식은 앞의 장에서 다룬 목록별 삭제, 대응별, 평균대체 방법보다도 효율적인 방법이다.
부트스트래핑법(Bootstrapping)을 통해서 표준오차, 모수의 신뢰구간, 효과의 크기, 표본크기 그리고 분산-공분산, 상관계수를 제시해 준다. 부트스트래핑의 사전적인 의미는 ‘안장점'으로 컴퓨터가 경험적으로 각종 추정치를 구하는 방법이다. 이 방법은 다변량 정규분포성 가정에 제약을 받지 않아 대표본인 경우 주로 사용한다.
이외에도 Amos는 연구모형과 다른 제안모형 사이의 비교를 용이하게 할 수 있도록 각종 자료를 제공하고 있다. 그리고 정규분포성 검정 및 이상치 여부의 판단 자료를 제공해 준다.
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