한국의 침례교회는 캐나다의 독립 선교사 맬콤 펜윅(Malcolm C. Fenwick : 1863-1935)이 1889년 내한한 것과 더불어 시작되었다. 펜윅 선교사는 한국에 온 후 서울에서 약 10개월간 한국어를 공부하다가 황해도 소래로 내려갔으며, 거기서 이렇다 할 열매를 보지못하고 1893년에 캐나다로 귀국했다가 미국으로 건너와 골든(Gordon) 목사가 운영하던 보스턴 선교훈련학교 (Boston Missionary Training School)에서 선교훈련을 더 쌓은 후 1894년 한국 순회 선교회(The Corea Itinerant Mission)를 조직하여 한국 선교를 위한 재도전을 준비하기에 이르렀다.
그러던 중, 1895년에 보스턴의 클라랜돈 스트릿 침례교회의 S. B. Thing 집사의 어린 외동딸‘엘라 씽’의 죽음을 기념한 엘라씽 선교회 (Ella Thing Memorial Mission)에서 펜윅 선교사와 함께 훈련을 받았던 파울링(Pauling) 선교사 부부를 한국으로 파송하여 충남 공주와 강경 지역에서 선교 사업에 착수하게 하였다. 이것이 침례교회가 한국에서 정식으로 뿌리를 내리게 된 최초가 되었다.
한편 펜윅 선교사는 1896년에 안수를 받고 다시 한국으로 돌아와 다른 선교회들(장로교와 감리교 등)의 손이 닿지 않던 지역에 복음을 전파하기 위하여 원산으로 가서 자리를 잡고 선교사역을 위한 구체적 발판을 마련하기 시작하였다. 그런데 충남의 공주와 강경 지역에서 선교 사업에 착수했던 파울링 선교사 일행이 1900년 이전에 자금난으로 대부분 철수를 하고 일행 중 마지막까지 남아있던 스테드맨 (Steadman) 선교사마저 1901년 철수하게 되자 그들은 자기들이 일구고 있던 선교 사업 일체를 함경남도 원산에서 사역하고 있던 펜윅 선교사의 한국 순회 선교회에 모두 떠넘겨주어 한국의 침례교회 선교 사업은 펜윅 선교사를 중심으로 단일화되었다. 펜윅 선교사는 자기가 거처하는 집에서 성경 공부반을 만들어 그와 동역할 사역자들을 양육하여 복음 사업의 기틀을 굳혀 나갔다.
한국의 예의범절과 풍습을 사랑했던 펜윅 선교사는 한복차림을 즐겨 했다. 흰 옷을 특히 사랑했던 그는 의식구조까지 한국인을 닮으려고 많은 노력을 했던 분이기도 했다. 이 같은 펜윅의 행적이 널리 퍼지자 1900년, 감리교 여선교사이자 개성 호수돈 여학교의 교사였던‘하인즈’양이 찾아와 펜윅의 설교에 충격과 도전을 받고, 그 헌신적인 선교정신에 감복하여, 마침내 평생을 함께 선교하겠다는 결심을 하였고, 두 사람은 결혼하게 되었다.
1901년부터 1910년에 이르는 부흥운동 기간 동안 대한기독교는 많은 성장을 하였다. 1896년에 한국선교를 새롭게 착수한 펜윅은 1906년까지 31개의 교회를 설립하는 놀라운 결실을 거두었다. 특히 원산을 중심으로 한 펜윅의 선교 활동은 1903년부터 일기 시작한 원산부흥운동의 덕을 톡톡히 보았다. 1906년 8월에 개최된 원산 지역 선교사 사경회 강사로 청빙을 받을 만큼 선교사 세계에서 인정을 받았던 그의 리더십 아래 대한기독교는 꾸준하게 성장을 계속했다. 문서 순회 전도자들을 각 처에 파송하여 복음을 전파한 결실로 차츰 교회가 개척되기 시작하였고, 나아가 엘라싱 선교회를 병합하여 교회의 숫자가 늘어가고 선교영역이 확장되어가자 그는 효율적인 선교를 위하여 교단 조직의 필요성을 간파하게 되었다. 해서 펜윅은 이와 같은 교세의 신장에 힘입어 1906년 그 동안 자신이 훈련시킨 한국인 사역자들과 더불어 대한기독교(the Church of Christ in Corea)를 창립했다. 총 31개 교회의 대표자들이 충남 강경에 모여 대회를 열고 ‘대한기독교회’라는 이름의 최초 한국 침례교단을 조직하고 46개 조항으로 된 총회 규약을 채택하였다.
교회가 설립되기까지는 펜윅의 신실한 한국인 동역자들이 주도적인 역할을 감당했다. 그 중 신명균(申明均)은 탁월한 리더십을 발휘했다. 펜윅의 말을 빌린다면 신명균은 “귀신을 숭배할 때 입던 누런 상복을 벗고 그리스도의 의라는 흠없는 흰 세마포 옷”으로 갈아입은 뒤 “어린아이와 같이”주님께 온전히 헌신했고, 그 같은 열심으로 “전도의 길”에 나섰다. 그 후 신명균은 펜윅의 신실한 동역자가 되어 펜윅이 “감독할 필요가 거의 없었다.”고 고백할 만큼 성공적으로 사역을 감당했다.
사역이 조금씩 확장되면서 교회 지도자 양성의 필요를 느낀 펜윅은 ‘청년들을 목회자로 양성하기로 결심’하고 청년 네 사람을 데리고 성경학교를 시작했다. 오전에는 농장에서 부지런히 일하고 오후에는 공부하도록 일정을 정하고 교과목도‘성경과 읽기, 쓰기, 셈으로 한정하고 교수 방식도 서양식보다는 동양식’을 택했다. 성경교육은 정해진 본문을 자유롭게 요약할 수 있는 수준에 도달할 때까지 반복해서 읽히는 것이었다. 이와 같은 수준에 도달하기 위해서는 적어도 20번, 25번, 30번을 읽어야 했다. 이런 방식으로 특히‘모세 5경을 철저히 읽게 했다.’캐나다 장로교 해외 선교회 회장 맥케이(R. P. McKay)와 함경도 함흥에서 사역하고 있던 캐나다 장로교 더칸 맥래(Ducan Murdock McRae)가 신학 교육 현장을 보고‘큰 만족을 표시하고’따듯한 칭찬도 아끼지 않을 만큼 펜윅의 신학교육은 성공적인 듯했다. 그러나 4년 간 훈련받은 이들 가운데 두 명의 청년은 “제칠일 안식일을 지키라는 명령에 순종하지 않으면 멸망할 것이라는 말과 만약 자기에게 오면 적잖은 급료를 지불하고 앞으로 더 올려 주겠다.”는 안식교 선교사의 제의를 받고 안식교로 넘어갔고, 한 명의 청년은 영어를 가르쳐 주지 않는다는 이유로 뛰쳐나갔고, 네 번째 청년은 일찌감치 지쳐서 세상으로 가 버렸다. 이 일은 펜윅에게 적지 않은 충격이었지만 오히려 자신이 본래 가졌던 ‘한국인에 의한 복음 전도’철학을 더욱 굳히는 계기가 되었고, 그의 철학은 신명균을 통해 옳다는 것이 입증되었다. 그 후 펜윅은 자신이 사역자들을 훈련시키기보다 신명균을 통해 한국인 사역자들을 훈련시키고 그들을 파송하는 방식을 선택했다. 신명균은 가정을 희생하면서까지 복음전파에 헌신했다. 그는 펜윅이 집을 수리하라고 준 15달러를 집수리에 사용하지 않고 ‘주변 마을에 전도자들을 보내는 데’쓸 정도였다. 곧 그는 교회를 12곳에 개척하고 이들 교회들을 방문할 때 학생들을 직접 동행시켜 그들에게 실제적이고 살아 있는 교육을 했다. 이렇게 해서 훈련받은 전도자들은 여러 지역으로 파송받아 성경반을 열고 성경과 쪽복음을 비치하고 그 중 경험 있는 사람에게 공부반을 맡겨 그 지역의 지도자로 삼았다. 이러한 한국인 사역자들의 헌신적인 전도 노력에 힘입어 31개의 침례교회가 설립되었던 것이다.
1906년 펜윅의 대한기독교는 이렇게 조직되었다. 펜윅이 교단의 전체 책임을 맡은 감목(監牧, 총회장)에 올랐다. 1906년 제1차 연회에서 그 동안 펜윅의 신실한 동역자였던 신명균이 초대목사로 임명받았다. 목사들은 3개월에 한 번씩 담당지역에서 모임을 가졌는데, 이 모임은 행정적인 목적도 있었지만 목회자들이 정기적으로 성경교육을 받기 위한 성경공부도 중요한 목적이었다. 지교회 순장들과 집사로 임명받은 이들은 감목이 주재하는 연회(年會, Annual Conclave)에서 보고를 하도록 했다. 목사들과 조사들은 감목이 임명하도록 했으며, 이와 같은 임명 건에 대해서는 감목 목사 그리고 교인들 모두가 동의하는 것을 원칙으로 했다.
대한기독교는 첫 한국인 목사 신명균을 통해 놀랍게 교세가 확장되었다. 부흥운동을 통해 영적인 분위기가 무르익은 데다 훌륭한 신명균 목사의 리더십이 중요하게 작용했다. 펜윅이 사역자들을 훈련시키지 않은 것은 아니었지만 실제로 펜윅은 “신목사가 훈련한 사람들과 내가 가르친 사람들 간의 차이는 그의 학생들은 모두 유능하게 활동한 반면에 내 학생들의 활동은 모두 부진했다.”고 고백했다. 1907년을 전후로 한 짧은 기간 동안 여덟 개의 교회를 설립한 손 목사도 신명균이 훈련시킨 사람이었다. 그는 조사로 임명받고 지방의 한 교회에 가서 불과 2주 만에 8명을 주님께로 인도했고, 얼마 후 정규 선교사역이 행해진 적이 없는 그곳에서 160km 떨어진 남쪽으로 파송을 받았을 때도 6주 만에 두 개의 교회를 설립했다. 손 목사와 더불어 초기 대한기독교 교세 확장에 크게 쓰임 받은 사람은 장 목사였다. 일련의 집회를 인도하면서 능력을 인정받은 손 목사는 1909년 11월 4일 펜윅의 적극적인 지원으로 12명의 전도자를 각 군에 한 명씩 파송했다. 펜윅은 그로부터 4개월도 채 되지 않은 1910년 2월 28일 36개의 새 교회가 설립되었다고 보고를 받았다. 이때에는 미국 성서공회에서 보낸 ‘방 하나를 가득 채울 만한 분량의 성경책’이 있었기 때문에 복음이 놀랍게 확장되었고, ‘손도 대지 못했을 많은 사역’이 한국에서 가능할 수 있었다. 손 목사는 1910년 4월 펜윅이 안식년을 떠나면서 두만강 지역으로 보내 그곳 교회 조직과 감로(監老) 임명을 부탁할 만큼 신임을 받았다.