루터의 종교개혁 이후 루터파 제후들은 슈말칼덴 동맹을 통해 저항하고, 이들의 요구를 수용하기 위해 1555년 아우크스부르크 종교화의가 개최되었다. 종교화의의 주요 결정 사항은 지배자가 종교를 선택한다는 점과 선택의 자유는 카톨릭과 루터파 교회에 한정한다는 것이다. 결과적으로 북부독일은 루터파 교회가 확산되고, 남부독일은 루터의 농민에 대한 태도로 인해 카톨릭으로 남게 되었다.
한편, 1545년 부터 교회의 개혁과 권위를 신장하기 위한 트렌트 공의회가 열렸다.
공의회의 주요 결정 사항은 기본적인 교리 재확인과 카톨릭 교회의 전통 인정, 7성사 유효 등이고 금서목록을 작성하고 종교재판을 강화하였다. 이 시기 이그나티우스 로욜라에 의해 예수회가 조직되는데, 예수회는 교황의 충실한 지지단체로서 주로 아시아에 대한 전도 사업과, 교세회복 및 해외전도 사업 그리고 교육활동을 전개하였다.
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