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(1) 부가가치세법 시행령 제48조 제10항에서 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다고 규정하고 있습니다.
재화 · 용역의 공급과 직접 관련이 없는 국고보조금 등은 부가가치세 과세대상으로 보지 않는 것으로
귀 상담의 경우 부가가치세법 제13조 제2항 제4호의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 국고보조금은 안분계산시에 총공급가액 및 면세공급가액에 포함되지 않는 것으로 판단됩니다.
(2) 국고보조금의 교부대상이 되는 사업의 사업자로 선정되어 부가가치세가 과세되는 당해 사업을 영위하는 사업자가 당해 사업과 관련한 재화 또는 용역을 공급받고 그 대금을 지원받은 국고보조금으로 지급하면서 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서상 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하여 공제할 수 있는 것입니다.
반면, 사업과 직접 관련이 없는 매입세액에 대하여는 동법 제17조 제2항 제2호에 의하여 매출세액에서 공제하지 아니하는 것입니다.
사업과 직접 관련이 있는지의 여부는 사실판단사항으로서 국고보조금 자체는 부가가치세 과세표준에 포함하지 않는 것이나, 국고보조금을 받았다고 하여 부가가치세가 과세되지 않는 사업이라고 할 수는 없을 것입니다.
(3) 귀 상담의 경우 국고보조금 교부대상 사업자인지, 재화 · 용역 공급에 관련하여 그 대가로 받는 것인지 등을 검토하여 판단하여야 할 것이나
재화 또는 용역의 공급과 직접 관련없이 지급받는 국고보조금은 부가가치세 과세표준에서 제외하는 것으로 아래 사례와 같이 공통매입세액 안분기준이 되는 공급가액에 포함하지 않음이 타당할 것입니다.
(서면3팀-3088, 2007.11.12)
【질의】
Ｏ 당법인은 민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 비영리법인으로서 매년 정부로부터 운영경비 충당 등의 목적으로 국고보조금을 수령하고 있으며, 또한 당사는 박물관 및 미술관진흥법 제6조 제1항에 의해 박물관으로 등록되어 있으며 박물관 운영사업(면세사업)과 부동산임대사업(과세사업)을 영위하고 있음.
한편 박물관 입장수입은 부가가치세법 제12조 제5호 규정에 의하여 면세공급가액이 되고 부동산임대료는 과세공급가액이 발생하고 있으며 박물관 운영사업은 당 법인에게는 법인세법상 비영리법인의 고유목적사업에 해당함.
Ｏ 당법인은 박물관 운영사업(면세사업)과 부동산임대사업(과세사업)을 영위하면서 공통매입세액 안분하는 과정에서 총공급가액과 면세공급가액에 국가로부터 수령한 국고보조금을 가산하여야 하는지 여부
〈갑설〉 공통매입세액을 안분하는 과정에서 국가로부터 수령한 국고보조금을 총공급가액과 면세공급가액에 가산하지 않아야 함.
（이유） 국가로부터 수령한 국고보조금은 재화나 용역을 공급하고 수령한 대가가 아니므로 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따른 총공급가액과 면세공급가액에 가산하지 않음.
〈을설〉 부가가치세법 시행령 제61조 제1항에 따라 공통매입세액을 안분하는 과정에서 국가로부터 수령한 국고보조금을 총공급가액과 면세공급가액에 가산해야 함.
【회신】
1. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 부가가치세법시행령 제61조 제1항의 산식에 따라 안분계산함에 있어서 “총공급가액” 및 “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 총공급가액 및 면세공급가액을 말하는 것으로서 공통매입세액과 관련이 없는 공급가액은 총공급가액 및 면세공급가액에 포함되지 아니하는 것임.
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