법인세법 제59조 [ 감면 및 세액공제액의 계산 ]
① 이 법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각 호의 순서에 따른다. 이 경우 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액, 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.(2018.12.24 후단개정)
1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액 감면(면제를 포함한다)(2010.12.30 개정)
2. 이월공제(移越控除)가 인정되지 아니하는 세액공제(2010.12.30 개정)
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.(2010.12.30 개정)
4. 제58조의3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.(2010.12.30 개정)
② 제1항 제1호에 따른 세액 감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」 제100조의32에 따른 투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다.(2018.12.24 개정)
법인세법시행령 제96조 [ 감면 및 세액공제액의 계산 ]
법 제59조 제2항에 따라 감면 또는 면제세액을 계산할 때 각 사업연도의 과세표준계산 시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 “공제액등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.(2010.12.30 개정)
1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액(2010.12.30 개정)
2. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액(2010.12.30. 개정)
법인세법시행규칙 제50조 [ 감면 또는 세액공제액의 계산 ]
법 제59조의 규정을 적용함에 있어서 법인이 법 또는 다른 법률에 의하여 제출한 법인세의 감면 또는 세액공제신청서에 기재된 소득금액과 법 제66조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 결정 또는 경정한 소득금액이 동일하지 아니한 경우 감면 또는 세액공제의 기초가 될 소득금액은 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장이 결정 또는 경정한 금액에 의한다. 다만, 「조세특례제한법」 제128조 제2항 및 동조 제3항의 규정이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.(2005.02.28. 법명개정)
◆ 세액감면 및 세액공제의 적용순서
법인세법 및 다른 법률을 적용할 때 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음 각각의 순서에 따른다. 이 경우 세액감면액과 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제액의 합계액이 당해 법인이 납부할 법인세액(토지 등 양도소득에 대한 법인세, 법인세법 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세 및 가산세는 제외한다)을 초과하는 때에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 본다.(法法 59①)
1. 각 사업연도 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다)
2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
4. 법인세법 제58조의 3에 따른 세액공제. 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
주) '별도의 규정이 있는 경우'로서 최저한세가 적용되는 공제·감면세액과 그렇지 않는 공제·감면세액 간의 적용순서를 정하는 조세특례제한법 제132조 제3항의 규정이 있으며, 제46관. 최저한세. 참조
소득세법 제60조 [ 세액감면 및 세액공제 시 적용순위 등 ]
① 조세에 관한 법률을 적용할 때 소득세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 다음 각 호의 순서로 한다.(2009.12.31 개정)
1. 해당 과세기간의 소득에 대한 소득세의 감면(2009.12.31 개정)
2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제(1995.12.29 개정)
3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 과세기간 중에 발생한 세액공제액과 이전 과세기간에서 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.(2009.12.31 개정)
② 삭제(2014.12.23)
③ 삭제(2014.12.23)
◆ 세액감면 및 세액공제 시 적용순위
조세에 관한 법률을 적용할 때 소득세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우
그 적용순위는 다음 각 호의 순서로 한다.
① 해당 과세기간의 소득에 대한 소득세의 감면
② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제
③ 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 과세기간 중에 발생한 세액공제액과 이전 과세기간에서 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.
◆ 최저한세 적용대상인 세액감면과 아닌 세액공제가 함께 있는 경우
조세특례제한법을 적용할 때 46-4.의 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 또는 세액공제 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 46-4.의 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용한다.(租法 132③)*)
*) 법인세법 규정에 따라 세액감면을 먼저 적용하여야 한다는 예규(서면2팀-353, 2007.3.2 외)와 혼재되어 있었으나, 국세청의 법령해석 정비를 통해 위와 같이 정비하였으며, 이를 명확히 하기 위하여 2010.1.1 조세특례제한법 개정시 명문화하였다.(租法 132③)
최저한세가 적용되는 감면 등과 적용되지 아니하는 감면 또는 세액공제 등이 같은 사업연도에 동시에 적용되는 경우에는 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용하여 공제한다.
그러나 최저한세가 적용되는 감면들이 동시에 적용되는 경우에는 법인세법 제60조에 따라 자진신고납부하거나 또는 국세기본법 제45조에 따라 수정신고하는 때에는 법인의 선택에 따라 순차적으로 적용할 수 있으나 정부가 결정·경정하는 때에는 46-11.에서 정하는 순서에 따르게 된다.
○ 창업중소기업 등에 대한 세액감면과 연구 및 인력개발비 세액공제가 동시에 해당하는 경우 최저한세 적용 대상인 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제하고 남은 세액을 한도로 최저한세 적용을 받지 아니하는 연구 및 인력개발비세액을 공제함.(서이-455, 2005.3.29)
○ 외국인투자기업이 임시투자세액공제와 외국인투자에 대한 법인세 감면을 동시에 적용받는 때에는 법인세법 시행규칙 별지 제3호서식 「법인세과세표준 및 세액조정계산서」의 세액계산순서에 따라 법인세법 제55조의 규정에 의해 계산된 산출세액에서 임시투자세액을 공제한 후의 법인세와 최저한세를 비교하여 그 중 많은 세액에서 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 공제함.(서이-1428, 2004.7.9)
○ 법인세 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 법인세 차감세액은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등 세액공제를 한도까지 우선 적용하여야 하고 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자법인감면을 나중에 적용하여야 함.(서이-1428, 2004.7.9 및 조심 2009구3878, 2010.12.31)
◆ 최저한세 적용대상인 세액감면과 아닌 세액공제가 함께 있는 경우
조세특례제한법을 적용할 때 46-4.의 최저한세가 적용되는 감면 등과 그 밖의 감면 또는 세액공제 등이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 46-4.의 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용한다.(租法 132③)
최저한세가 적용되는 감면 등과 적용되지 아니하는 감면 또는 세액공제 등이 같은 사업연도에 동시에 적용되는 경우에는 최저한세가 적용되는 감면 등을 먼저 적용하여 공제한다.
그러나 최저한세가 적용되는 감면들이 동시에 적용되는 경우에는 법인세법 제60조에 따라 자진신고납부하거나 또는 국세기본법 제45조에 따라 수정신고하는 때에는 법인의 선택에 따라 순차적으로 적용할 수 있으나 정부가 결정·경정하는 때에는 46-11.에서 정하는 순서에 따르게 된다.
○ 창업중소기업 등에 대한 세액감면과 연구 및 인력개발비 세액공제가 동시에 해당하는 경우 최저한세 적용 대상인 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제하고 남은 세액을 한도로 최저한세 적용을 받지 아니하는 연구 및 인력개발비세액을 공제함.(서이-455, 2005.3.29)
○ 외국인투자기업이 임시투자세액공제와 외국인투자세액감면을 동시에 적용받는 때에는 법인세법 시행규칙 별지 제3호서식 「법인세과세표준 및 세액조정계산서」의 세액계산순서에 따라 법인세법 제55조의 규정에 의해 계산된 산출세액에서 임시투자세액을 공제한 후의 법인세와 최저한세를 비교하여 그 중 많은 세액에서 외국인투자에 대한 법인세 감면세액을 공제함.(서이-1428, 2004.7.9)
○ 법인세 세액감면과 세액공제가 동시에 적용되는 경우 법인세 차감세액은 최저한세가 적용되는 임시투자세액공제 등 세액공제를 한도까지 우선 적용하여야 하고 최저한세가 적용되지 아니하는 외국인투자법인감면을 나중에 적용하여야 함.(서이-1428, 2004.7.9 및 조심 2009구3878, 2010.12.31)
최저한세가 적용되는 경우의 감면배제 순서(조특령 126 ⑤)
신고납부 또는 정부가 소득세를 경정하는 경우에는 아래와 같이 순차적으로 감면 적용을 배제하여 추징세액을 계산한다.
① 「조세특례제한법」 제132조 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따른 준비금의 필요경비산입
② 「조세특례제한법」 제132조 제1항 제2호 및 제2항 제2호에 따른 손금산입 및 익금불산입
③ 「조세특례제한법」 제132조 제1항 제3호 및 제2항 제3호에 따른 세액공제(동 규정에 열거된 조문순서에 따라 순차로 적용 배제).
* 단, 이월된 공제세액이 있는 경우에는 나중에 발생한 것부터 적용배제
④ 「조세특례제한법」 제132조 제1항 제4호 및 제2항 제4호의 규정에 의한 소득세의 면제 및 감면
⑤ 「조세특례제한법」 제132조 제1항 제2호 및 제2항 제2호의 규정에 의한 소득공제 및 비과세
