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사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(거래시기)에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 발급하여야 하며,
이 경우 세금계산서를 적법한 공급시기에 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 시행령 제59조에 정하는 사유가 발생한 경우에는 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있는 것입니다.
매출처가 세금계산서를 착오로 이중발급한 경우에는 이를 취소하는 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것으로
1. 매출자가 착오에 의하여 이중발급한 세금계산서에 대하여 수정세금계산서를 교부하고 매출액을 차감하는 경정청구를 하고자 하는 경우에는
부가가치세법시행령 제59조에 의하여 적법하게 발행된 수정세금계산서에 대하여는 세금계산서관련 가산세는 적용되지 아니하며, 그 밖에 별도의 가산세는 적용되지 아니할 것으로 사료됩니다
2. 매입자가 착오에의하여 이중으로 발급된 세금계산서로 과다공제를 받았다가 수정세금계산서에 의하여 수정신고를 하는 경우에는 신고불성실가산세와 납부불성실 가산세가 적용될 것으로 사료됩니다. (매입처별세금계산서합계표불성실가산세는 적용안됨.)
세금계산서는 공급자 뿐 아니라 거래상대방인 매입자도 확인하여야 하는 사항으로 이중발급받은 경우에는 해당 매입세금계산서를 중복으로 공제받지 않아야 하는 것이나, 이를 이중으로 공제받은 경우에는 매입처별세금계산서합계표는 착오에 의해 적용하지 않더라도 공급받는 자도 실제로 납부할 금액을 과소신고 납부한 경우에 해당하므로 신고불성실 및 납부불성실 가산세는 적용되는 것이 타당한 것으로 사료됩니다.
* 관련법령
부가가치세법 시행령제59조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】
① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.
7. 착오로 전자세금계산서를 이중으로 발급한 경우: 당초에 발급한 세금계산서의 내용대로 부(負)의 표시를 하여 발급한다. (2012. 2. 2. 호번개정)
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