서면1팀-112(2006.01.27)
[제목] 토지양도대가와 별도로 지급받는 보상금에 대한 소득구분
[요약] 토지의 양도가액과 별도로 사업시행자로부터 지급받는 농작물 등의 손실보상금으로
손실의 범위를 초과하지 아니하는 금액은 과세소득에 해당하지 아니하나
토지를 원만하게 명도받기 위하여 법적 의무 없이 지급하는 합의금은 기타소득에 해당함
서면4팀-2003(2005.10.31)
[제목] 토지수용관련 보상금의 소득구분 및 양도시기
[요약] 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 제기시 토지의 양도시기는 보상금확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이 되는 것임
[질의]
(내용)
경기도 평택시 청북면 일대 약 60여만평의 토지는 현재 한국토지공사의 택지개발사업과 관련하여 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 토지수용절차를 밟고 있으며, 현재 사업시행자인 한국토지공사와 수용을 위한 협의중에 있음. 그러나 많은 토지 소유자들이 한국토지공사가 제시한 협의가격에 불만을 가지고 있으며, 이에 따라 향후 수용재결신청청구, 이의신청, 행정소송 등의 불복절차 등이 진행될 것으로 예상하고 있음
(질문)
1. 공공사업용으로 사업시행자에게 토지등이 양도 또는 수용될 때, 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송이 진행중인 경우, 그 양도시기는 언제로 보는지? 재결보상금 공탁일인지? 아니면 소유권이전등기접수일인지?
2. 토지소유자는 상기1.의 양도일이 어느 날로 확정되든지 간에 양도일 이후 이의신청, 행정소송 등을 통하여 공탁된 재결보상금보다 더 많은 보상금을 수령할 수가 있는데 이 경우 증액보상금에 대한 양도소득세 신고방법과 관련하여 이미 예정신고한 내용에 대하여 수정신고하여야 하는지 여부, 증액된 부분에 한하여 예정신고가 가능한지 여부 및 예정신납부세액공제를 받을 수 있는지 여부
3. - 영업보상금, 폐업보상금 : 수용되는 토지에 축산업을 영위하던 소유자가 영업보상금과 폐업보상금을 별도로 구분하여 보상받은 경우 당해 보상금의 소득세법상 구분
- 분묘 이전비 : 수용되는 토지에 묘지 등이 있어 사업시행자가 이를 토지 등과 구별하여 별도의 분묘 이전비를 보상하는 경우 당해 보상금의 소득구분
- 지작물의 손실보상금 : 과수, 입목, 경작물 등을 토지 등과 별도로 구분하여 보상받은 경우 당해 보상금의 소득세법상 소득구분
[회신]
1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 사업시행자에게 양도되는 토지의 양도시기는 보상금에 대한 협의가 성립되어 보상금을 수령하였거나 재결보상금 및 공탁금을 이의없이 수령한 경우에는 보상금수령일 또는 공탁일이 되는 것이나, 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 제기한 경우 당해 토지의 양도시기는 보상금확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날이 되는 것임. 이 경우 실거래가 과세대상 토지의 양도가액은 양도당시의 보상금액이 되는 것이며, 양도일 이후에 토지 보상금이 증액된 경우에는 그 증액된 보상금을 수령한 날에 양도가액을 경정하여 「국세기본법」 제45조의 규정에 따라 수정신고하면 되는 것이나, 예정신고납부 기간이 경과하여 추가로 수령한 금액에 대하여는 예정신고납부세액공제가 되지 아니하는 것임.
2. 임지와 임목을 함께 양도하는 경우에 임지의 양도로 인한 소득은 「소득세법」 제94조의 규정에 의한 양도소득으로서 과세하는 것이며, 임목의 양도로 인한 소득은 같은법 제19조 제1항 제1호 규정에 의해 사업소득(임업)으로 과세하는 것이나, 그 임목의 조림기간이 5년 이상인 때에는 임업소득과는 구분하여 산림소득으로 과세하는 것임. 또한 과수와 농작물에 대한 손실보상금을 토지의 양도가액과 별도로 구분하여 사업시행자로부터 지급 받는 경우 동 과수와 농작물에 대한 보상금은 과세소득에 해당하지 아니하는 것임.
3. 한국토지공사의 택지개발사업과 관련하여 수용되는 토지에 축산업을 영위하는 소유자가 사업시행자로부터 토지가액과 별도로 구분하여 지급 받는 영업손실보상금·폐업보상금 등은 「소득세법 시행령」 제51조 제3항의 규정에 의해 사업소득의 총수입금액에 산입하는 것임.
4. 수용되는 토지에 묘지가 있어 사업시행자로부터 토지의 양도가액과는 별도로 분묘의 이장에 따른 이장비와 보상비의 명목으로 지급하는 금액은 「소득세법」 제21조 제1항 제17호의 사례금으로서 기타소득에 해당하는 것임.
◪ 토지와 지장물 등 함께 양도한 경우
1) 농작물 등에 대한 손실보상금을 받은 경우
① 구분한 경우
ⅰ) 과수와 농작물
과수와 농작물에 대한 손실보상금을 토지의 양도가액과 별도로 구분하여 사업시행자로부터 지급받는 경우 동 과수와 농작물에 대한 보상금은 "과세소득"에 해당하지 아니하는 것이다(서면4팀-2003, 2005.10.31).
※ 논·밭을 작물생산에 이용하게 함으로써 발생하는 소득 → 비과세(소세법 12조 2호)
ⅱ) 농기구 등
토지의 양도가액과 별도로 구분하여 지급받는 농막, 농기구, 묘목, 펌프 등의 양도대가는 "과세소득"에 해당하지 아니한다(부동산-177, 2011.2.24).
② 구분하지 아니한 경우
과수원 토지를 양도함에 있어 과수(果樹)의 가액을 별도로 평가하여 구분양도하지 아니한 경우에는 전체 양도가액을 토지의 양도가액으로 보는 것이다(서면4팀-2973, 2006.8.28).
2) 축산업자가 영업손실보상금을 별도로 구분하여 받은 경우
한국토지공사의 택지개발사업과 관련하여 수용되는 토지에 축산업을 영위하는 소유자가 사업시행자로부터 토지가액과 별도로 구분하여 지급받는 영업손실보상금·폐업보상금 등은 "사업소득"의 총수입금액에 산입하는 것이다(서면4팀-2003, 2005.10.31；심사 소득 2007-76, 2007.9.7).
3) 겸용주택 수용으로 영업손실보상금을 받은 경우
사업자가 사업을 영위하다가 그 사업장이 수용되거나 양도됨으로 인하여 지급받는 보상금으로서 영업보상, 휴업 또는 폐업보상, 이전보상 등 그 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 것은 사업내용에 따라 사업소득 또는 부동산임대소득으로 구분하여 그 총수입금액에 산입하는 것이다[국승](재산-701, 2009.2.27；서울고법 2012누8368, 2012.8.22).
4) 분묘의 이장비 명목으로 별도로 구분하여 받은 경우
수용되는 토지에 묘지가 있어 사업시행자로부터 토지의 양도가액과는 별도로 분묘의 이장(移葬)에 따른 이장비와 보상비의 명목으로 지급하는 금액은 "사례금"으로서 기타소득에 해당하는 것이다(서면4팀-2003, 2005.10.31.).
⑤ 추가보상금을 받은 경우
소유권이전등기일을 기준으로 법정신고기한까지 양도소득과세표준신고서를 제출한 이후 토지 보상가액에 대한 소송에 의하여 보상금이 증액된 경우, 해당 증액된 보상금은 국기법 45에 따라 "수정신고"하여야 하는 것이며, 납세자가 증액된 보상금의 수령일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 과세표준수정신고서를 제출하고 동시에 추가자진납부하는 경우 국기법 48 ①(정당한 사유)에 따라 신고·납부불성실가산세가 적용되지 아니하는 것이다(부동산-1061, 2011.12.21).
⑥ 시설물과 구축물
건물에 부속된 시설물과 구축물은 건물에 포함되어 그 양도로 인하여 발생하는 소득은 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 해당된다. 따라서, 건물의 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액을 계산할 때에는 건물에 부속된 시설물의 취득가액이 필요경비로 공제되어야 한다. 설령 건물의 양도가액에 건물에 부속된 시설물의 양도가액이 누락되어 있다고 하더라도, 과세관청이 이를 증명하여 누락된 양도가액의 증액을 주장할 수 있음은 별론으로 하고, 위와 같은 사정만으로 납세의무자가 건물의 필요경비에 해당하는 건물에 부속된 시설물의 취득가액에 대한 공제를 주장할 수 없다고 볼 수는 없다[국패](대법원 2012두17872, 2013.10.31).
⑦ 수목보상비 및 영농보상비
수목보상비의 구체적인 산정근거를 뒷받침하는 증빙자료 제시가 없는 점, 영농보상비 또한 농작물의 종류·수량·경작농지의 지번 등 보상비 산정내역을 입증할 자료 제시가 없으므로 수목 및 영농보상비를 부동산 양도가액에 "포함"함이 타당하다(심사 양도 2014-0092, 2014.6.27).
⑧ 부동산의 수용가액에 수목과 분재 등의 감손보상금
부동산 수용에 따른 보상금에 수목과 분재, 액자 등의 이전과정에서 파손되는 손실에 대한 보상금이 포함되어 있다고 볼 수 없다[국승](대법원 2019두61410, 2020.3.12).
⑨ 정원수 가액
매매계약서상 쟁점부동산의 양도가액과 구분하여 기재한 정원수 가액에 대하여 감정평가한 내역 등 객관적인 평가기준을 제시하지 못하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다(조심 2018부2518, 2018.8.24).
⑩ 시설비 등
ⅰ) 쟁점상가에 시설되어 있는 시설용품의 구체적인 명세 및 가액 등이 확인되지 아니하고, 또한 별도의 계약에 의하여 매매도 하지 아니하였으며, 단지 쟁점상가 매매계약서의 부동산 표시란에 시설물 일체를 포함한다고 되어 있는 것으로 보아 양도가액 "제외"는 불가하다(심사 양도 2011-0042, 2011.4.4).
ⅱ) 구체적인 산출근거 없이 부동산의 양도대금과 별도로 지급한 영업권 등의 대가는 부동산의 양도가액에 "포함"하여야 한다(심사 양도 2011-235, 2011.11.1).
⑪ 집기·비품의 포괄적 양도
매매계약서 작성시 비품 등 대금을 별도로 정산한다는 특약을 기재하기는 하였으나 실제 비품 가치를 "평가"하거나 매매대금과 별도로 비품 등 대금을 따로 정산하지 않은 점 등에 비추어 비품은 부동산과 일체로서 포괄적으로 양도되었다고 봄이 상당하므로 양도가액에서 비품 등 대금을 "제외"할 수 없다[국승](대전지법 2012구단1476, 2013.8.30).
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│※ 계약서상 매매대금 중 일부는 부동산 매매대금이 아니라 집기·비품의 양도대금이라는 주│
│ 장을 인정할 증거가 없고 양도소득세를 "절감"하기 위하여 양도가액을 허위로 낮추어 기 │
│ 재한 계약서를 작성하여 양도소득세 신고를 한 행위는 사기 기타 부정한 행위에 해당하므│
│ 로 부과제척기간 10년이 적용된다[국승](대법원 2012두13115, 2012.10.11). │
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◣포함 안되는 경우◢
② 보상금에 대한 재결에 불복하여 추가로 지급받는 지연손해금
「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 규정에 의하여 사업시행자에게 양도되는 토지로서 보상금에 대한 재결에 불복하여 이의신청 또는 행정소송을 제기하여 법원의 판결에 따라 토지보상금을 지급받으면서 추가로 지급받는 지연손해금은 "양도가액"에 포함되지 아니하는 것이다(부동산-5644, 2016.12.2.).
③ 수용시 건물보수비 상당액
한 동(棟)의 건물 중 일부가 수용되면서 양도대가와 별도로 건물보수비 명목으로 지급받은 금액으로서 현실적으로 발생한 피해의 보전 또는 원상회복을 초과하지 않는 범위 내의 보수비 상당액은 당해 자산의 "양도가액"에 포함되지 않는 것이다(서면4팀-1866, 2007.6.7).
④ 배나무 등의 지장물 가액
위성사진 등에 의하면 쟁점토지 양도 당시 그 지상에는 배나무 약 300주 및 영농과 관련된 창고 등의 지장물이 실제 있었던 것으로 확인되므로, 전체 양도가액 ○○○원에서 이러한 배나무 등의 지장물 가액은 쟁점토지 양도가액에서 제외해야 할 것인바, 제출된 자료만으로는 배나무 등 지장물의 현황 및 양도 당시의 가액을 산정하기 어려우므로 처분청이 쟁점토지 지상의 지장물 내역과 그 가액을 재조사하여 그 결과에 따라 확인된 지장물의 가액을 쟁점토지의 양도가액에서 "제외"하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2016중0630, 2016.11.10).
⑤ 하자보상금 지급한 경우
ⅰ) 하자 발생
부동산의 양도차익을 실지거래가액에 의하여 계산함에 있어 매매계약서의 특약조항에 양도일 이후 당해 부동산의 하자가 발생할 경우 그에 따른 보상금 지급에 대한 내용이 명기되어 있고 손해배상청구소에 의한 판결에 의하여 손해배상금이 "지급"되었다면 그 금액은 당초 양도가액에서 차감할 수 있다(재산 46014-370, 2000.3.25).
ⅱ) 공사 지연
토지를 매수하여 건물을 신축하는 공사 중 지하에서 물이 나와 공사를 하지 못함에 따라 보상 차원에서 "반환"하였다면 양도가액에서 차감하는 것이다[국패](대법원 2010두27011, 2011.3.24).
ⅲ) 양도의 대가와 관련된 하자 발생
손해보상금이 계약 당시 이미 발생한 하자에 대하여 법원의 결정에 따라 지급의무가 부여되어 양도자가 직접 매수자에게 지급된 것이고, 양도의 대가와 관련하여 지급된 경우에는 당해 부동산의 양도가액에서 차감하는 것이다(심사 양도 2011-0025, 2011.4.8).
⑥ 매수인으로부터 징수하여 부가가치세 납부하는 경우
실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 때에 취득 및 양도가액은 당해 자산의 취득 및 양도 당시에 실지거래된 가액으로 하는 것이며, 이 경우 양도가액에는 「부가가치세법」의 규정에 의한 사업자가 매수인으로부터 징수하여 국가에 납부하는 부가가치세는 포함하지 아니하는 것이다(서면5팀-2339, 2007.8.20.；부동산-332, 2011.4.19).
건물에 부속된 방송장비 등
교회를 매매하면서 수령한 양도대가 중 교회건물에 부속된 방송장비 등의 대가가 포함되어 있는 것으로 보아 이를 차감한 금액을 양도가액으로 보아 과세하여야 한다(조심 2011중2298, 2011.8.11).
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│※ 숙박시설 양도가액=매매대금-전자제품 등 가액[국패](대법원 2007두15384, 2010.2.11) │
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⑧ 주유소의 탱크로리 가액
이 사건 매매계약서상 매매대금 6억원 중 탱크로리 가액 2,000만원을 "제외"하면 5억 8천만원인 점, 관련소송의 판결서에도 이 사건 주유소의 매매대금이 6억원인 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 주유소의 양도가액은 5억 8천만원으로 봄이 타당하다[국승](대구지법 2013구합10511, 2014.6.20).
⑨ 호텔의 집기대금
매매예약서에 매매목적물이 호텔과 집기 일체로 기재되어 있고 침대 등의 집기목록이 "첨부"되어 있는 점, 당시 평가된 집기대금을 포함해서 전체 양도대금이 결정된 점 등에 비추어 양도대상에는 호텔과 집기 일체가 포함된 것으로 인정되므로 양도가액에서 "집기대금"은 제외되어야 한다[국패](서울고법 2013누6031, 2013.7.19).
◆ 토지와 지장물 등 함께 양도한 경우
1) 농작물 등에 대한 손실보상금을 받은 경우
① 구분한 경우
ⅰ) 과수와 농작물
과수와 농작물에 대한 손실보상금을 토지의 양도가액과 별도로 구분하여 사업시행자로부터 지급받는 경우 동 과수와 농작물에 대한 보상금은 "과세소득"에 해당하지 아니하는 것이다(서면4팀-2003, 2005.10.31).
※ 논·밭을 작물생산에 이용하게 함으로써 발생하는 소득 → 비과세(소세법 12조 2호)
ⅱ) 농기구 등
토지의 양도가액과 별도로 구분하여 지급받는 농막, 농기구, 묘목, 펌프 등의 양도대가는 "과세소득"에 해당하지 아니한다(부동산-177, 2011.2.24).
② 구분하지 아니한 경우
과수원 토지를 양도함에 있어 과수(果樹)의 가액을 별도로 평가하여 구분양도하지 아니한 경우에는 전체 양도가액을 토지의 양도가액으로 보는 것이다(서면4팀-2973, 2006.8.28).
2) 축산업자가 영업손실보상금을 별도로 구분하여 받은 경우
한국토지공사의 택지개발사업과 관련하여 수용되는 토지에 축산업을 영위하는 소유자가 사업시행자로부터 토지가액과 별도로 구분하여 지급받는 영업손실보상금·폐업보상금 등은 "사업소득"의 총수입금액에 산입하는 것이다(서면4팀-2003, 2005.10.31；심사 소득 2007-76, 2007.9.7).
3) 겸용주택 수용으로 영업손실보상금을 받은 경우
사업자가 사업을 영위하다가 그 사업장이 수용되거나 양도됨으로 인하여 지급받는 보상금으로서 영업보상, 휴업 또는 폐업보상, 이전보상 등 그 사업과 관련하여 감소되는 소득이나 발생하는 손실 등을 보상하기 위하여 지급되는 것은 사업내용에 따라 사업소득 또는 부동산임대소득으로 구분하여 그 총수입금액에 산입하는 것이다[국승](재산-701, 2009.2.27；서울고법 2012누8368, 2012.8.22).
4) 분묘의 이장비 명목으로 별도로 구분하여 받은 경우
수용되는 토지에 묘지가 있어 사업시행자로부터 토지의 양도가액과는 별도로 분묘의 이장(移葬)에 따른 이장비와 보상비의 명목으로 지급하는 금액은 "사례금"으로서 기타소득에 해당하는 것이다(서면4팀-2003, 2005.10.31).